Aller au contenu
Aller au menu
Aller à la recherche
Aller au pied de page

Projets financés

Projet 12

Effet de polluants sur le potentiel microbien des sols : méthodes utilisables en routine pour l'analyse de la taille, de la biodiversité et des activités microbiennes des sols.
Responsable Scientifique: 

Rémi Chaussod

Organisme: 
UMR Microbiologie et Géochimie des Sols - INRA Dijon / Université de Bourgogne
Résumé: 

 

Pour pouvoir assurer une gestion durable des sols, il est nécessaire de disposer de méthodes d’évaluation de leur qualité, notamment de leurs propriétés biologiques. Une préoccupation prioritaire concerne les effets de contaminants tels que des éléments traces métalliques et des composés traces organiques (pesticides ou autres), liés à des pratiques agricoles. Pour pouvoir apprécier ces effets sur le fonctionnement microbien des sols dans une perspective « opérationnelle », nous avons effectué des travaux dans trois domaines complémentaires :

- Développement méthodologique. Des méthodes microbiologiques quantitatives et qualitatives ont été développées en vue d’une utilisation en routine pour juger de la qualité biologique des sols. Un effort particulier a porté sur les méthodes bio-moléculaires, notamment pour ce qui concerne l’extraction de l’ADN microbien directement à partir du sol et les mesures subséquentes : analyse de la structure des communautés (B-RISA et F-RISA), détection et quantification de gènes fonctionnels (atzC, nirK, nodC…).

- Application à des situations de terrain. Ceci a permis de mettre en évidence l’intérêt et les limites des méthodes disponibles. Les méthodes bio-moléculaires peuvent très utilement compléter les mesures quantitatives globales (type biomasse microbienne) en apportant des informations fines sur des populations ou des fonctions d’intérêt agro-environnemental. Toutefois, l’interprétation de ces données est parfois délicate.

- Mise en place de référentiels d’interprétation. La comparaison de traitements contrastés en un même lieu par une approche polyphasique est aujourd’hui totalement opérationnelle. En revanche, la comparaison de données issues de parcelles plus ou moins éloignées, intégrant différentes sources de variation, s’avère plus délicate. On peut en partie résoudre cette difficulté en mettant en place des référentiels régionaux stratifiés par type de sol et par système de culture. Un travail important d’acquisition reste à accomplir en ce domaine.

Durée du projet: 
3 ans
Etat d'avancement: 
Terminé
Les articles scientifiques et thèses :
 
  • Chèneby D., Philippot L., Hartmann A., Hénault C., Germon J.C. 2000. 16S rDNA analysis for characterization of denitrifying bacteria isolated from three agricultural soils. FEMS Microbiology Ecology, 34, pp 121-128.
  • Ranjard L., Poly F., Lata J.C., Mougel C., Thioulouse J., Nazaret S. 2001. Characterisation of bacterial and fungal soil communities by automated ribosomal intergenic spacer analysis fingerprints: biological and methodological variability. Applied & Environmental Microbiology, 67, pp 4479-4487.
  • Martin-Laurent F., Philippot L., Hallet S., Chaussod R., Germon J.C., Soulas G., Catroux G. 2001. DNA extraction from soils : old bias for new microbial diversity analysis methods. Applied & Environmental Microbiology, 67, pp 2354-2359.
  • Martin-Laurent F., Cornet L., Ranjard L., Lopez-Gutierrez J.C., Philippot L., Schwartz C., Chaussod R., Catroux G., Soulas G. 2004. Estimation of atrazine degrading genetic potential and activity in three french agricultural soils. FEMS Microbiol. Ecol..
  • Chaussod R. 2002. La qualité biologique des sols : des concepts à l’application. C.R.Académie d’Agriculture, 88, pp 61-68.
  • Ranjard L., Lejon D., Mougel C., Scherer L., Merdinoglu D., Chaussod R. 2003. Sampling strategy in molecular microbial ecology : influence of soil sample size on DNA fingerprinting analysis of fungal and bacterial communities. Environmental Microbiology, 5, pp 1111-1120.
Les documents techniques (fiches, brochures et articles) :
 
  • I.T.A.B. 2002. Activités biologiques et fertilité des sols. Intérêts et limites des méthodes analytiques disponibles. ITAB, Ed. (Paris), 1ère édition, Commission technique "agronomie" ITAB.
  • Doledec A.F., Descotes A., Moncomble D., Cluzeau D., Pérès G., Chaussod R. 2001. Viticulture raisonnée et préservation des terroirs en Champagne. Synthèse de dix années d’essais. Le Vigneron Champenois, 10, pp 2-15.
Fichier(s) attaché(s)Mise à jourTaille
GESSOL1_rapport final CHAUSSOD.pdf18/10/20114.45 Mo